No início do terceiro semestre - ou seja, idealmente assim que o/a doutorando/a obtiver aprovação em todas as disciplinas da parte escolar com classificações suficientes para transitar para a 2.ª Fase – deve apresentar na Divisão Académica um requerimento, dirigido ao Sr. Presidente do Conselho Científico, c/c à Professora Coordenadora do 3.º Ciclo, propondo o tema da dissertação e o/a orientador/a, indicando a especialidade em que pretende apresentar-se a provas públicas e a programação individual da investigação no tempo, incluindo a seleção das universidades ou institutos onde se prevê o seu desenvolvimento. Nos termos regulamentares, o acompanhamento dos doutorandos por um/a orientador/a é obrigatório a partir do terceiro semestre.
A apresentação deste requerimento deverá ser precedida de algum contacto com o/a orientador/a, a quem o/a doutorando/a já terá pedido que oriente a sua investigação e que aprove a escolha do tema e a programação individual da investigação.  A  escolha  dos  orientadores  é  dos  doutorandos,  embora  a aceitação pelos orientadores seja livre e deva ser aprovada pelo Conselho Científico.  A  escolha  de  orientadores  poderá  recair  em  professores  da Faculdade  ou  em  qualquer  outra  pessoa  que  os  doutorandos  julguem especialmente indicada para o efeito, desde que titulares do grau de doutor/a. Este requerimento deverá ser apresentado antes da elaboração e entrega do projeto de dissertação, uma vez que a elaboração deste projeto já deverá ter sido acompanhada pelo/a orientador/a designado/a pelo Conselho Científico. Ou seja, só num segundo momento, depois de elaborado com o apoio do/a orientador/a e por este/a revisto, deverá o projeto ser simplesmente entregue, sem outras formalidades, na Divisão Académica.
Finalmente, neste semestre cabe aos doutorandos efetuar uma comunicação no SPEED. Esta também é independente do requerimento acima referido, embora também seja conveniente que só tenha lugar já depois da designação de orientador/a. Esta comunicação também não pressupõe a apresentação de nenhum requerimento, bastando uma inscrição no SPEED (e o agendamento da comunicação, que pode levar algum tempo, atendendo à elevada procura).